大学もバイトも辞めてニートになり、人間関係も全てリセットとなってしまったある男が、偶然親友と出会った。しかしその親友は出会った後に貨物列車に引かれて帰らぬ人となった。一見事故のように見えて、実は殺人事件だったのだが、その犯人と謎はいったい何なのか、周囲の人々と遭遇し、利用していくことによって、事件のキーワードとなる「バビロン」に出会う。
果たして「バビロン」とはどのようなもので、死んだ親友は「バビロン」とどのような関わりがあるのか、謎が謎を呼ぶようなミステリー作品である。
バビロンが本書の事件の中核にあたるのだが、謎めきながら、おぞましい存在であった。どのようにおぞましいのかというと、とある「機関」であるのだが、その機関そのものが、ミステリーと言うよりもある種SFの要素も入っているのではないかと考えてしまう。